2002年，教育部出台了《普通高等学校本科教学工作水平评估方案》, 对普通高等学校本科教学工作、综合办学实力以及高校各项工作进行五年一轮的评估，评估的结论分为优秀、良好、合格和不合格四种。由于评估结果决定着高校政策优惠、资金划拨、生源和当地政府扶持力度，各高校莫不高度重视，倾注了大量的人力物力和财力。
但据某门户网站对“现行本科教学评估的效果”调查表明，有79.02％认为效果很差。究其原因，有以下四点：一、评估过份强调评估材料，忽视实际教育质量。为了符合评估指标，做好评估材料，在评估期间，在校长 “一把手问责制”的重压之下，学校的一切工作围着评估转，上至教授下至学生都被动员起来，忙于填写各种表格、总结、汇报材料，影响了实际的教学质量。二、资金浪费严重。为使评估顺利通过，高额聘请有评估经验的专家预评估，或请他们做评估报告；为赶造各式各样的表格、记录、文件的教工忙于加班；为了让评估专家进校后获得比较好的外观印象，特意建志性建筑、景点；评估团进校后又有高规格的接待等等。据知情人士透露，一次评估下来最起码花费1000万。这些费用除高校自已承担外，部分地方政府为会尽力从财政上给予经费支持。三、评估专家事先告知高校，影响评估的权威性。评估专家主要是由各大学校长、教务处长组成，在评估前名单已经公布给被评估学校，一些高校会与评估专家进行不恰当的沟通，客观上影响了评估的权威性。四、评估结果的有效性不足。2005年4月21日教育部公布了2004年接受评估的54所高校的评估结论：其中30所高校“优秀”、19所高校“良好”、5所高校“合格”。整个一个倒置的金字塔，优秀的比良好的多，良好的比合格的多，不合格的没有。这样的结果显然无法鼓励学校将评估作为改进提高教学质量的一种机会，从而损害了评估的有效性。
为完善高等学校本科教学质量评估工作，建议如下：
一、坚持分类评价。教育主管部门和教育评估机构对不同类别、不同层次、不同规模的大学进行评估，应建立多层次的评估标准，给评估机构以自主运行的空间，以求达到评价的实效。
二、评估机构独立化。应尽快把现有由教育主管部门设立的评估组织(如全国学位与研究生教育发展中心等)与政府脱钩，真正实现政府对教育的规划调节、宏观管理、指导监督的职能。学校内部的教学质量评估则可由学校自己的教学质量评估机构完成。无论评估结果如何，一切评估费用由高校自行解决。中介机构在公开、公正、公平原则下广聘专家，公布专家名单，评估团入住学校的时间和专家向被评估学校保密，采用记名投票，公示评估结果，防止评估过程中因人情、关系等因素造成的暗箱操作。
三、评估结果分通过与否两种。不对高校评估结果进行排名，而只分通过或没有通过两种。
四、评估专家的慎重选择。按照自愿申请的原则，吸收教育工作者和社会上的专业人员共同组成多个专家组，根据学校自身的质量评价体系抽取其中的有疑问指标进行评估。
五、加强社会舆论监督。教育主管部门要通过设置举报电话，对评估过程中出现的造假和评估人员违反评估纪律等问题，要快速及时地进行查处。同时，要制定保护举报人的合法权利的相应措施。