近年来，通过加大基础设施建设投入，目前湖州市已基本形成了与全市生产力相适应、铁公水一体化、较为完善的交通运输网络，为全市经济社会发展提供了坚实的交通支撑和保障。尤其是我市丰富的内河航运资源，更是以其廉价、环保、节能和承运量大，适应大宗货物运输的优势和特点，为我市的货物物流提供了条件。据统计，2006年我市共完成水路货物运输量9301万吨、周转量134亿吨公里，分别占全社会货运总量的50%和80%。全市21个内河港口共完成货物吞吐量13320万吨，其中湖州港完成货物吞吐量4607万吨，位居全国十大内河港口第八位。水运运输收入约10亿元左右，并解决了约2万余人的就业问题，带动了沿河船舶修造业的发展，为地方经济发展作出了积极贡献。
降低物流成本是提高效益的重要措施，发达国家物流成本一般占GDP的10％，而发展中国家的物流成本大多占到GDP的30％左右。照此推算，通过发展现代物流业，降低百分十的物流成本，我市则可增加收入70多亿（按2006年全市生产总值760亿计）。因此，从降低物流成本的角度考虑，充分发挥湖州内河港口在物流业中的作用，应该是推进我市在杭湖宁城市带中间率先崛起的最具优势的战略资源之一。同时，湖州港总体规划已通过了交通部和省政府联合组织的会审，这为湖州更好地发挥内河航运的优势创造了条件。
虽然湖州港近几年发展成绩显著，也面临着空前的发展机遇，但在发展过程中还存在一些问题，需要引起重视：
1、码头建设无序，集约化和规模化程度低。全市内河港口码头总吞吐能力虽然已超亿吨，但在港口码头的设计和建设中科技含量很低，码头建设和经营主体散、乱、弱、小，有相当一部分码头未经正规设计、施工、验收，没有相应等级标准和技术要求。码头布局非常零乱，到处是装卸矿石等矿建材料的小型码头。目前境内货主自用码头达85%，公用码头仅占15%，尤其是集装箱、粮食、煤炭等专用码头泊位数量很少。
2、运输组织结构不合理，货物中转、配送、集散无法满足客户需要。湖州港是长三角地区矿建材料的主要供应地，出港货物中占75%的矿建材料，目前主要由中小企业和个体经营，流通环节多，产、运、销信息不灵。
3、内河集装箱运输发展缓慢，与现代港口物流发展趋势差距巨大。这几年我市外向型经济高速发展，工业生产快速增长，全市进出口适箱货物约占整个地区进出口货物总量的70%，2006年约18万标准箱。2003年8月，湖州又开通了至上海的集装箱内河支线运输，实现了集装箱水运零的突破。据测算，湖州至上海的集装箱运输，水运与陆运相比，每个标箱至少可节约300元。这些都为我市发展水运集装箱运输创造了有利条件，但目前我市水运集装箱发展还处在起步阶段，运输规模十分有限，经营集装箱运输的港口码头和物流企业处于举步维艰的状况。
4、临港工业不发达，发展潜力有待开发。发展临港工业的主要优势在于可以减少原材料、产品运输途中的中转次数，最大限度地降低运输成本。虽然我市近年来已经引进一些临港工业项目，但规模不大，尚未使我市丰富的内河航运资源得以充分利用和发挥。
5、港口建设资金不足。按照湖州港总体规划的发展思路，“十一五”期间港口码头建设资金缺口巨大，如航道等级的提升、堆场的扩建、泊位等级的提高等都需大量资金的投入。
针对上述问题，提出如下几点建议以供参考：
1、建立领导机构，加强对港口码头资源整合工作的领导。按照“一市一港”的目标，整合现有的港口码头资源，是一项事关全市经济发展长远利益的重大战略举措，需要全市上下各部门、各单位共同参与，密切配合。建议由市政府牵头建立由市主要领导亲自挂帅的强有力领导机构，全市一盘棋，保证港口码头资源的整合、优化、提高，达到“以港兴市”的目的。
2、落实港口总体规划，全面提升临港工业发展水平。规划是临港工业发展的依据和前提，湖州港总体规划已通过了交通部和省政府的会审，随着长三角产业布局的调整，我市将成为承接制造业转移的重点地区。因此，要在现有规划的基础上高度重视临港工业的发展，以港口为依托，推进产业集聚，优化产业布局，提升产业层次，努力打造长三角先进制造业基地。要建设大园区，做大港口码头发展平台。以培育港区特色产业为主攻方向，重点规划和建设港口码头依托型特色园区，努力增强载体功能，推进要素聚集。同时，加强港口码头的改造升级，主动适应船舶大型化、运输集约化、泊位深水化的要求，对现有500多家的码头进行整合改造，做大做强一部份社会公用码头。
3、依托港口优势，建立现代物流基地。适应现代物流市场发展，改变不合理的运输结构，拓展港口服务功能，根本途径在于建立物流基地。现代物流基地应该由多功能、规模化的货物配送中心构成。港口码头可以利用自身仓库改造成适应物流服务用途的配送中心，提供给物流企业经营；引进国内外船运公司和制造、物流企业资金，投资建设专用物流配送中心，在港区周围形成配送中心和仓储群。从我市各港口码头基础设施水平和现有服务能力来看，铁公水中转港的基础设施建设、港口服务能力等具备了发展物流基地的条件，可依托它建设现代物流基地，解决现在该中转港吞吐量不足的问题。政府还应在土地和税收等政策上给予配送中心大力支持。
4、大力发展集装箱运输业，促进港口码头功能的提升。从产业结构看，我市属于劳动密集型产业结构，处于产业链分工底端，适箱货物较高。我们可以从以下几个方面发展集装箱运输业：第一，准确定位湖州港在长三角尤其与上海港在集装箱运输体系中的地位，大力发展航线和航班，选择有实力的船运公司参与湖州港的投资和经营，提高集装箱的货源和中转量。第二，拓展货源腹地。集装箱的运输需要稳定的货源和一定规模的商品，我市作为浙北要塞，交通条件比较优越，尤其是申苏浙皖高速的通行更是拓展了湖州港的经济腹地。政府应加强对湖州港的宣传，制订相关政策扶持集装箱运输的发展；港口企业自身应主动出击，争取更多稳定的货源。第三，提高港口管理水平，增强服务竞争力。进一步加强港口的系统建设，提高通航能力、仓储能力、装卸能力；提高港区服务质量，提高信息处理水平，减少作业环节，降低物流成本。
5、加快投融资体制改革，筹措港口发展资金。第一，建立港口建设专项发展基金。专项基金来源主要有：港区内企业的税收返还、港口岸线使用费等。同时加强对港口专项发展资金的监管，列入地方预算内资金，由财政专户存储，实行收支两条线管理。第二，港口土地开发。结合湖州港总体规划，航道整治和港池开挖围垦，港务部门可取得土地开发的使用权和开发权，开发获益资金全部用于港口港区建设。第三，投资主体多元化。除国家和地方政府成为投资主体外，应鼓励国企、民营、外资成为港口建设的投资主体，广泛吸引有充足货源的企业、临港工业企业以独资、合资等多种方式参与港口建设。第四，在港口融资上，应采取多种金融工具，合理确定经营期限和价格，兼顾各方利益。